โรงเรียนเซนต์ยอแซฟสกลนคร เดิมชื่อ “โรงเรียนเซนต์ยอแซฟอนุบาล” เป็นแผนกหนึ่งของโรงเรียนเซนต์ยอแซฟท่าแร่ (ปัจจุบันคือโรงเรียนเซนต์โยเซฟ ท่าแร่)

กิจการของโรงเรียนได้เจริญก้าวหน้าอย่างรวดเร็ว มีการก่อสร้างอาคารเพิ่มเติมอีกหลายหลัง และในปี ค.ศ. 1985 (พ.ศ. 2528) ตามใบอนุญาตเลขที่ 1/2528 ลงวันที่ 23 พฤษภาคม 2528 ได้จัดตั้ง “โรงเรียนเซนต์ยอแซฟอนุบาลสกลนคร” แยกเป็นเอกเทศจากโรงเรียนเซนต์ยอแซฟท่าแร่ ตั้งแต่เวลานั้นเป็นต้นมา ต่อมาในปี ค.ศ. 1993 (พ.ศ. 2536) โรงเรียนได้ขยายหลักสูตรจนถึงระดับมัธยมศึกษาตอนต้นตามความจำเป็นของการจัดการศึกษา และความประสงค์ของผู้ปกครองนักเรียน และในปี ค.ศ. 1994 (พ.ศ. 2537) ตามใบอนุญาตเลขที่ สน 93/2537 ลงวันที่ 25 กรกฎาคม 2537 ได้เปลี่ยนชื่อเป็น “โรงเรียนเซนต์ยอแซฟสกลนคร” ตั้งอยู่เลขที่ 361 หมู่ 2 ถนนนิตโย ตำบลธาตุเชิงชุม อำเภอเมืองสกลนคร จังหวัดสกลนคร